• Năm 1987 xuất bản truyện ngắn Trại bảy chú lùn.
• Năm 1991, tiểu thuyết Nỗi buồn chiến tranh của Bảo Ninh (in lần đầu năm 1987 tên là Thân phận của tình yêu[1], được tặng Giải thưởng Hội Nhà văn Việt Nam và đã được đón chào nồng nhiệt. Đó là câu chuyện một người lính tên Kiên, đan xen giữa hiện tại hậu chiến với hai luồng hồi ức về chiến tranh và về mối tình đầu với cô bạn học Phương. Khác với những tác phẩm trước đó mang tính sử thi, miêu tả chiến tranh từ góc độ cộng đồng, hùng tâm tráng chí của người lính chiến đấu vì vận mệnh đất nước, Bảo Ninh đã miêu tả chiến tranh từ một góc độ khác, góc độ cá nhân, thân phận con người, đi sâu vào những nỗi niềm cá nhân. Nhà văn Nguyên Ngọc ca ngợi: "Về mặt nghệ thuật, đó là thành tựu cao nhất của văn học đổi mới". Tuy nhiên, trong hơn 10 năm sau đó tác phẩm đã bị cấm, không được in lại, có lẽ do quá nhạy cảm; mặc dù vậy, với làn sóng đổi mới ở Việt Nam, cuốn sách vẫn rất được ưa thích.

Cuốn sách được dịch sang tiếng Anh bởi Frank Palmos và Phan Thanh Hảo, xuất bản năm 1994 với nhan đề "The Sorrow of War", được ca tụng rộng rãi, và một số nhà phê bình đánh giá là một trong những tiểu thuyết cảm động nhất về chiến tranh. Bản dịch này được photo bán rộng rãi cho du khách nước ngoài. Đây là một cuốn sách được đọc rộng rãi ở phương Tây, và là một trong số ít sách nói về chiến tranh từ quan điểm phía Việt Nam được xuất bản ở đây. Một điều đáng khâm phục là Bảo Ninh đã trình bày quan điểm này mà không hề lên án phía bên kia.

Năm 2005, tác phẩm này được tái bản với nhan đề ban đầu là Thân phận của tình yêu; năm 2006 tái bản với nhan đề đã trở thành nổi tiếng: Nỗi buồn chiến tranh.[2]

Bảo Ninh còn viết một số truyện ngắn về đề tài chiến tranh, trong đó truyện Khắc dấu mạn thuyền đã được dựng thành phim. Truyện ngắn "Bội phản" trong tập truyện "Văn Mới" do Nhà xuất bản Văn học xuất bản, cũng đã được ông gửi gắm nhiều tình cảm và suy nghĩ vào trong các nhân vật.